Переходы, залы, тайные ходы и вся система метро Москвы рассматриваются как московские подземелья, о которых москвичи любят слагать легенды. Одна из них гласит, что под Москвой расположен полноценный подземный город (где-то в Раменках), построенный в 70-х годах, якобы по приказу Иосифа Сталина. Слухи наделили этот город всем необходимым для беззаботного проживания в нём в течение 25-30 и более лет почти 15 тысяч человек. Входом в город является, якобы одна из веток секретного метро, называемого «Метро-2» и ведущего к зданию МГУ. Ветка проходит под рекой Москва и пересекается с перегонным туннелем линии Сокольников.

Линии, исходящие от «Метро-2», якобы ведут ко всем аэропортам и многочисленным секретным сталинским бункерам, один из которых расположен под одним из парков Москвы в самом оживлённом московском районе. Бункер, расположенный на 18 метров вглубь земли, строили метростроевцы, которых пригоняли сюда с соблюдением секретности, за их работой следили спецслужбы. Есть в подземельях Москвы станции, которые не использовались никогда («Волоколамская»), они строились для будущих жилых микрорайонов, которые так и не были построены, но были построены, например, аэропорты, стадионы, парки.

Наибольшей проблемой в настоящее время является вопрос поддержки и реставрации подземных сооружений, которые не выдерживают нагрузки мегаполиса и частично разрушаются. Всё это стоит немалых средств, даже без учёта необходимости установки здесь систем видеонаблюдения, датчиков безопасности и прочей техники. Механизм системы московского метро огромен, и уследить за его разнообразными и многочисленными лабиринтами труднее с каждым годом. Роль его высока на протяжении всей его истории существования – метро не раз спасало москвичей в военные годы. Метрополитен продолжает расти одновременно с городом – растут и его легенды, тайны, загадки.