Постсоветский период в истории Московского метрополитена охарактеризовался значительным снижением финансирования. В это же время сформировалась концепция развития линий скоростного хордового типа, назначение которых заключалось в связи со спальными районами и аэропортами, находящимися за кольцом МКАД. Однако из-за недостатка средств планы были отложены.

В первой половине девяностых годов в Серпуховско-Тимирязевском районе был достроен северный участок. А линия Люблинская, открытие которой было спроектировано еще на восьмидесятые, вступила в строй только в 1995 году. В этот же отрезок времени стали осваиваться проекты альтернативного метро, включая монорельсы, легкое метро и метро скоростное.

Спустя еще несколько лет, к 2002 году, была открыта новая станция на бульваре Дмитрия Донского (район Северного Бутово), ознаменовав собой выход Московского метро за пределы МКАД. Спустя год вступила в строй и Бутовская линия, как продолжение этой ветки. В 2004 году была впервые проведена линия монорельса, а также установлены первые промышленные кондиционеры в метро.

Изначальная концепция мини-метро предполагала создание частных ответвлений от «Москва-Сити» до «Киевской». По сравнению с традиционным м етро предполагались более короткие платформы, более крутые подъемы и менее изогнутые кривые, однако концепция была отвергнута, и ответвление получило обычное классическое ответвление.