Разработка вагонов типа Е была начата на Мытищинском машиностроительном заводе в 1956 году. В декабре 1959 года были изготовлены первые два вагона, а через год опытный поезд, состоящий из семи вагонов, получило столичное метро. Из вагонов опытной партии сохранился только один и в настоящее время он установлен в депо «Печатники». По своему внешнему виду от своих серийных сородичей он отличается отсутствием привычных форточек в боковых окнах и трафарета вдоль крыши.

Серийные вагоны Е впервые сошли с конвейера в конце весны 1963 года. Помимо более мощных двигателей, улучшенных тележек и других технических аспектов, новые вагоны от прежних существенно отличались и внешне. Кузов стал гофрированным, что увеличило его жёсткость. Вентиляционные черпаки стали более частыми, благодаря чему вентиляция салона значительно улучшилась. Боковые окна и двери сместились от кабины управления и возле нее установили одноместные сиденья, а полутораместные — в противоположном конце вагона.

В отделке салона, как и раньше, широко использовалось дерево. Дверные и оконные рамы были деревянными, полосы из дерева были зрительной границей между верхней частью салона и потолком. Стены всех вагонов Е оклеивали линкрустом – одним из самых ценных видов обоев. До недавнего времени в Москве вагоны с отделкой салона линкрустом курсировали на Арбатско-Покровской и Филёвской линиях. Сейчас остался только один (№3605), который тоже собираются снять с линии.

Вагоны типа Е существенно отличались от вагонов других типов по своим ходовым и динамическим свойствам, полностью соответствуя уровню вагоностроения тех времен. За все годы производства сошли с контейнера 824 вагона Е.

На сегодняшний день Филёвская линия — единственное место, где еще можно встретить вагоны Е. Там еще есть одиннадцать шестивагонных составов, составленных полностью из вагонов типа Е.